[7]​ Los pliegues o "arrugas" macroscópicos transversales del epitelio, crean una estructura plegada y dan como resultado una gran superficie de 360 cm².

[13]​ El epitelio vaginal forma crestas transversales llamadas pliegues o "arrugas" que son más prominentes en el tercio inferior de la vagina.

[3]​ Esta estructura del epitelio da como resultado un área de superficie aumentada que permite el estiramiento.

[20]​ Las células del epitelio vaginal retienen un nivel generalmente alto de glucógeno en comparación con otro tejido epitelial en el cuerpo.

[21]​ Los patrones de superficie en las propias células son circulares y están dispuestos en filas longitudinales.

[22]​ La capa basal del epitelio es la mitóticamente más activa y reproduce células nuevas.

[18]​ Está compuesta por una capa de células cuboidales que se extienden sobre la membrana basal.

En las capas medias de los epitelios, las células comienzan a perder sus mitocondrias y otros orgánulos celulares.

[6]​ Las uniones entre las células epiteliales regulan el paso de moléculas, bacterias y virus al funcionar como una barrera física.

[27]​[28]​ Aunque el moco no es producido por el epitelio vaginal, se origina mucus desde el cuello del útero.

Estas se pueden clasificar por medio de la relación nuclear-plasma en células intermedias "superiores" y "profundas".

[35]​ Las uniones celulares del epitelio vaginal ayudan a prevenir que los microorganismos patógenos ingresen al cuerpo, aunque algunos pueden penetrar esta barrera.

[13]​ El epitelio es permeable a los anticuerpos, otras células del sistema inmunológico y macromoléculas.

[8]​ El epitelio proporciona además una barrera para los microbios, la síntesis de péptidos antimicrobianos (beta-defensinas y catelicidinas) e inmunoglobulinas.

[36]​ Las infecciones de transmisión sexual, incluido el VIH, rara vez se transmiten a través del epitelio intacto y saludable.

Se ha recomendado la investigación sobre la naturaleza protectora del epitelio vaginal, ya que ayudaría en el diseño de medicación tópica y microbicidas.

[8]​ El tracto vaginal está integrado por células epiteliales cubiertas por moco y colonizadas por bacterias.

La microbiota vaginal tiene un papel clave para determinar si el epitelio será susceptible a las infecciones de transmisión sexual.

[30]​ El uso de nanoparticulas que puedan penetrar la mucosa cervical (presente en la vagina) y el epitelio vaginal se ha investigado para determinar si se pueden administrar medicamentos de esta manera para brindar protección contra la infección del virus del herpes simple.