Debido a su niñez, la administración del reino estuvo a cargo del clan Fujiwara, pero durante su reinado hubo una lucha interna en el clan sobre quién debía ser el kanpaku (regente).El Emperador En'yū siguió el consejo de su madre y favoreció a su tío materno, Fujiwara no Kanemichi.Durante su reinado se fundaron las procesiones imperiales a las Santuarios de Hirano y Hachiman.[5] También durante su reinado ocurren tres grandes incendios en el Palacio Imperial (en 976, 980 y 982) y el Espejo Sagrado, uno de los Tres Tesoros Sagrados, sufre daños irreversibles en dichos incendios.Al año siguiente, se convierte en un monje budista y toma el nombre de Kongō Hō.
