Emre Güngör empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Ankaragücü.

En 2001 pasó a formar parte de la primera plantilla.

Durante un año jugó en el Türk Telekomspor para regresar en 2004 al Ankaragücü, donde se consolidó como titular en defensa, llegando a ser capitán del equipo.

El 1 de enero de 2008 fichó por el Galatasaray S. K., equipo con el que consiguió su primer título, una Liga.

Fue internacional con la selección de fútbol de Turquía en cuatro partidos y anotó un gol.