Debido a su niñez, la administración del reino estuvo a cargo del clan Fujiwara, pero durante su reinado hubo una lucha interna en el clan sobre quién debía ser el kanpaku (regente).

El Emperador En'yū siguió el consejo de su madre y favoreció a su tío materno, Fujiwara no Kanemichi.

Durante su reinado se fundaron las procesiones imperiales a las Santuarios de Hirano y Hachiman.

[5]​ También durante su reinado ocurren tres grandes incendios en el Palacio Imperial (en 976, 980 y 982) y el Espejo Sagrado, uno de los Tres Tesoros Sagrados, sufre daños irreversibles en dichos incendios.

Al año siguiente, se convierte en un monje budista y toma el nombre de Kongō Hō.