Nunes nació en Lisboa, donde estudió composición, desde 1959 hasta 1963 en la Academia de Amadores de Música con Francine Benoit, y luego con Fernando Lopes Graça en la Universidad (1962-64).
Luego asistió a cursos en la Darmstädter Ferienkurse (1963-65), y en 1964 se trasladó a París.
Un año más tarde se trasladó a Colonia, se matriculó en la Hochschule für Musik Köln, y estudió composición con Henri Pousseur, música electrónica con Jaap Spek, y fonética con Georg Heike, a la vez que tomó cursos con Karlheinz Stockhausen (Latino 2001).
En 1971 fue galardonado con el Primer Prix d´Esthetique Musicale en la clase de Marcel Beaufils en el Conservatorio Nacional Superior de Música de París, en 1999 ganó el Premio de Composición de la UNESCO, y en 2000 fue el ganador del Prémio Pessoa.
Desde 1980 se ha convertido en un maestro, en lugares como la Fundación Gulbenkian de Lisboa, la Universidad de Harvard en los EE.