Filipinas y España establecieron relaciones diplomáticas en 1947, un año después de la concesión formal de independencia por parte de Estados Unidos.
Filipinas llevó a cabo inicialmente su representación en España mediante una legación encabezada por Manuel Escudero como ministro plenipotenciario.
[1] El 5 de enero de 1951 el presidente Elpidio Quirino elevó la legación a categoría de embajada bajo el ámbito de la Orden Ejecutiva 351,[2] la primera de Filipinas en Europa,[3] también con jurisdicción en Francia e Italia en las que sus capitales albergaban legaciones filipinas.
[4] En 1997 compró el gobierno de Filipinas una finca de 1200 metros cuadrados (12 916,7 ft²) en El Viso, un barrio que alberga otras misiones diplomáticas situadas en Madrid, para ser la nueva sede de la misión.
[1] Había originalmente una casa solariega de 50 años con dos plantas posteriormente demolida para construir la cancillería, mientras había en el otro lado un establo y un gran jardín, también demolidos para construir la residencia del embajador.