Se desempeña como interior izquierdo o volante ofensivo Empezó su carrera en el año 1999 con Vélez Sársfield, donde sus buenos rendimientos llevaron a que el VfB Stuttgart de Alemania se fije en el jugador, y adquiera el pase del joven de 21 años en 2003.

En este equipo, Emanuel, compartió plantel con jugadores de la talla de Philipp Lahm, Aliaksandr Hleb, Ivan Stoyanov y Mario Gomez.

En 2006, vuelve al conjunto alemán donde se mantiene 6 meses.

Su paso por el fútbol de México sería sin embargo fugaz y Centurión regresó a Argentina para ser cedido en Independiente y participar en el Torneo Apertura 2008.

Ya en 2009, el jugador desvinculado del equipo mexicano, firmó para Chacarita donde disputó el Torneo Apertura 2009.