Hizo su debut con los Rojos durante la temporada del Super Rugby 1996, a la temprana edad de 19 años contra los Highlanders.

Flatley debió retirarse prematuramente del rugby por consejo médico ya que él sufría de continua visión borrosa debido a una serie de conmociones cerebrales.

En 2001, él fue miembro del equipo de los Wallabies que ganó la serie contra los Leones británicos e irlandeses en la gira a Australia 2001.

Flatey solo jugó un Mundial; los campeones del Mundo jugaban en casa en Australia 2003 y mostraban un gran nivel, del otro hemisferio venía el XV de la Rosa que había logrado el Grand Slam en Europa y mostraba un gran nivel, por lo que no fue sorpresa que en la final, se enfrentaran australianos e ingleses.

En una de las finales que más se recuerde, en Muerte súbita, Jonny Wilkinson convirtió el drop que derrotó a los Wallabies en su casa 17-20 y consagró campeón del Mundo a Inglaterra.