Según su organización política, en las elecciones nacionales se eligen presidente, vicepresidente, 45 senadores, 80 diputados y los gobernadores de los departamentos.
Inicialmente en estas elecciones se pensó usar urnas electrónicas brasileñas, pero la creciente desconfianza de los partidos opositores hacia el TSJE obligó a que se vuelva a usar el sistema por papeletas electorales.
[2] Los ministros del TSJE designaron autoridades para su tribunal, que regirán hasta el 31 de diciembre de 2008, siendo elegido presidente Rafael Dendia Aguayo y vicepresidente Juan Manuel Morales Soler[3] Esta decisión fue criticada por los partidos opositores, ya que tanto Dendia como Morales responderían al partido de gobierno.
El presidente en el cargo Nicanor Duarte Frutos, perteneciente al Partido Colorado, organización que estuvo en el poder sin interrupción durante más de seis décadas, está impedido por la Constitución en postularse para la reelección, apoyando finalmente a Blanca Ovelar de su misma corriente Movimiento Progresista Colorado, mediante unas primarias en las que resultó derrotado Luis Castiglioni el vicepresidente del propio Duarte, pero de una corriente interna distinta, Vanguardia Colorada.
Entre los principales candidatos opositores están el obispo católico Fernando Lugo, que enarbola la bandera del cambio, con una ideología cercana a la Teología de la Liberación, consiguió el apoyo del segundo partido del país: Partido Liberal Radical Auténtico, de tendencia socioliberal, que junto a otras formaciones centrista e izquierdistas conforman la plataforma electoral, Alianza Patriótica para el Cambio.