[4] La región de El Zape fue habitada originalmente por personas thepehuan.
En 1596 el sacerdote católico Jeronimo Ramirez visitó el poblamiento de El Zape.
Más tarde, en 1604 el sacerdote católico Juan Fonte fundó oficialmente la ciudad de El Zape.
[5] Las condiciones en las cuales las personas indígenas vivían bajo la normativa colonial los llevó a crear una revuelta en 1616, atacando los asentamientos españoles en un evento que es conocido como la Revuelta de Thepehuan.
Durante aquella rebelión, El Zape era el sitio de una masacre que dejó a 19 españoles y 60 esclavos africanos muertos.