Entonces empezó a realizar actividades filantrópicas en las provincias de Cádiz y Sevilla.

Era católico practicante, pese a lo cual fue tachado de masón en 1932 por el periódico tradicionalista sevillano La Unión.

Ahúja negó su pertenencia a la masonería, pero en 1937, durante la Guerra Civil, se le abrió una causa por sus contactos con la masonería basándose en unas cartas en las que precisamente declinaba incorporarse a una logia.

En 1945 le declararon inocente del cargo de masón, pero ya no volvió a España.

[1]​ En 1969 la Fundación Elías Ahuja levantó el Colegio Mayor que lleva su nombre en Madrid, y encomendó su gestión a la Orden de San Agustín.