Era el año de 1989, cuando la Santa Sede, le propuso al entonces nuncio apostólico en Venezuela, monseñor Luciano Storero, sometiera a consulta entre los obispos venezolanos para postular a sacerdotes para dedicarlo al servicio diplomático de la Santa Sede.

El arzobispo de Maracaibo, entonces monseñor Domingo Roa Pérez, propuso al padre Edgar Peña como posible aspirante.

Desde 1993 hasta 1997 presta sus servicios en la nunciatura apostólica en Nairobi - Kenia, en la cual también representó la Santa Sede ante las Agencias de las Naciones Unidas para el Ambiente (con las siglas UNEP) y para la vivienda conocida como HABITAT.

De Kenia en África pasa en 1997 y hasta 1999 a la nunciatura apostólica Yugoslavia en Belgrado, en los que le tocó vivir la llamada 'Guerra de los Balcanes' que se inició en 1998 y finalizó en 1999.

Y desde el 2006 hasta el 2010 desempeñó su labor diplomáticas en la nunciatura apostólica de México, el segundo país con mayoría católica en América.