En dichos cursos conoció y trabó amistad con John William Mauchly que mantendría para toda la vida.
En mayo de 1943 designaron a Eckert ingeniero principal del proyecto cuya tarea específica era diseñar los circuitos electrónicos.
La máquina en cuestión se entregó en 1949 bajo el nombre de BINAC (Binary Automatic Computer).
Otro detalle importante es que fue la primera computadora en utilizar cintas magnéticas como memoria secundaria, y para ello desarrollaron un dispositivo denominado convertidor para la lectura/escritura en las cintas, que se utilizó posteriormente en la UNIVAC.
Eckert se retiró de Unisys en 1989, aunque siguió ejerciendo como consultor para distintas empresas.