La temporada 2011-12 la sección de fútbol militó en Regional Preferente, logrando el ascenso a Tercera por primera vez en su historia.
La sección de fútbol del Santillana se fundó el año 2004[1] como SCD Santillana, comenzando a militar en la Primera Regional.
En 2007 el club cambia su nombre a la denominación actual.
La campaña 2012-13, en su debut en Tercera, finalizó en la 17.ª posición, perdiendo la categoría por los arrastres por descensos de equipos cántabros de superior categoría.
[1][3] Inaugurado en 2002, lleva el nombre del exfutbolista "Santillana".