[4] Se convirtió en entrenador del club de su ciudad natal, Rijeka, en 2005.Skočić aseguró un trofeo para el club, ganando la Copa de Croacia en la temporada 2005-06.Skočić se tomó un año sabático como entrenador después de su paso por Interblock,[7] y en la temporada 2009-10, asumió la dirección del club Al-Arabi en Kuwait.[10] Skočić heredó un equipo defensivamente frágil que estaba a 2 puntos del descenso.Pronto tuvo una racha positiva al obtener 13 puntos en sus primeros 5 juegos y también llevó al equipo de segundo nivel a la final de la Copa Hazfi.En julio de 2019, se convirtió en entrenador del Sanat Naft Abadan FC.[20] Logró llevar a Irán al Mundial 2022 como ganador del Grupo A al anotar 25 puntos en 10 partidos en la tercera ronda de la Clasificación para la Copa del Mundo y establece la mejor actuación de los iraníes en la clasificación para la Copa del Mundo.
