Tras llegar una nueva estación con sus correspondientes gripes, el deber del Dr. Mario es usar sus Megavitaminas para ayudar a la gente de la región.

Sin embargo, Wario, quien ansía tener la fama de Mario, intenta robar las Megavitaminas.

El Dr Mario y Wario siguen al Mad Scienstein hasta el castillo de Rudy, donde deberán luchar contra Rudy para que Mario pueda obtener de nuevo sus vitaminas.

El oponente es Metal Mario si usaste a Wario y el Vampiro Wario en caso de haber jugado con Dr. Mario A grandes rasgos, Dr. Mario 64 se juega de la misma forma que su predecesor Dr. Mario, lanzando megavitaminas a una jarra llena de virus, así, alineando una combinación de virus y megavitaminas estos desaparecen.

El primero, Classic Mode, presenat un diseño y puesta en escena similar al primer Dr Mario.