La liberación de energía potencial eléctrica da lugar a la fragmentación del producto iónico.
La ECD produce tipos más significativamente diferentes de iones fragmentados (aunque principalmente se han identificado en el ECD b-iones de tipo c y z[3]) que otros métodos MS/MS de fragmentación como disociación por desorción de electrones (EDD) (principalmente los tipos a y x),[4][5][6][7][8] disociación inducida por colisión (CID) (principalmente los tipos b[9] e y) y disociación por multifotón infrarrojo (IRMPD).
Las bajas eficiencias de fragmentación y otros problemas experimentales, que están siendo estudiados,,[16] han impedido su uso extendido.
[18][19][20] La ECD es una técnica de fragmentación MS/MS recientemente introducida y todavía está siendo investigada.
Se ha sugerido que las reacciones radicalarias iniciadas por el electrón pueden ser las responsables de la acción del ECD.