En el año 2000, Navarro fue firmado por los New York Yankees como agente libre aficionado.Navarro hizo su debut en Grandes Ligas con los Yankees, el 7 de septiembre de 2004, jugando contra los Tampa Bay Rays, y jugó en siete juegos, bateando .429 (3-por-7) con un remolcadas y dos anotadas.En el 2007, ha jugado para Tampa Bay y, el 8 de junio de 2007, sufrió una herida cuando la pelota lanzada lo pegó en el cuello.Fue sacado del campo en una camilla y se fue al hospital más cercano.Afortunadamente, salió del hospital esa misma noche y ya era posible que jugara en el próximo partido.
