Más tarde fue asesinado en 1543 por su hijo, Jamsheed, que asumió el sultanato.
[5] Durante el reinado de Muhammad Quli Qutb Shah, las relaciones entre hindúes y musulmanes se fortalecieron, incluso hasta el punto de que los hindúes reanudaron sus festivales religiosos como Diwali y Holi.
El sultán tenía poderes ejecutivos, judiciales y militares absolutos.
Cuando la situación lo exigió, el puesto de regente fue creado para llevar a cabo la administración en nombre del rey.
La dinastía Qutb Shahi ha sido considerada como un "compuesto" de la cultura religión-social hindú-musulmana.