[2]​ Diagonal comenzó a gestarse a mediados de 2003, cuando el colectivo que editaba el mensual Molotov puso fin al tabloide para iniciar un medio mucho más potente y abierto.

A la iniciativa se sumaron una serie de periodistas y activistas de la comunicación que constituyeron el actual grupo promotor.

[4]​ Estaba editado por la Asociación Punto y Coma Comunicación y Prensa, creada expresamente para la publicación del periódico, bajo licencia Creative Commons en su versión Compartir Igual (CC-BY-SA).

[5]​ Se financiaba a través de suscripciones, venta directa, publicidad ética, donaciones y comercialización de artículos con la imagen del periódico.

Diagonal también contaba con presencia regional, publicando ediciones locales en Andalucía, Aragón, Asturias, Cantabria, Galicia y Madrid.