El área posterior del casco antiguo de Königsberg quedó para la Orden Teutónica.

En 1352 hubo una segunda gran división entre religiosos y obispos, sobre el área de los nadruvianos.

[6]​ El cabildo catedralicio, por su parte, tenía derecho a un tercio del principado-obispado.

Recién bajo Heinrich von Streitberg se organizó la diócesis y en 1258 recibió la dotación necesaria para el mantenimiento de la mensa episcopal.

Cuando el gran maestre de la Orden Teutónica Alberto dio su consentimiento (ya secretamente luterano desde 1522) y renunció a su cargo en noviembre, introdujo la Reforma protestante en el Estado de la Orden Teutónica.

Luego llamó a muchos clérigos protestantes al país, incluido el reformador Ambrosius Feierabend, que había sido expulsado de Elbing en 1539.

El capítulo de canónigos eligió otros dos obispos "protestantes": Joachim Mörlin (1550-1571) y Tilemann Heshusius (1571-1577).

Este cargo duró hasta 1773, cuando el obispo Ignacy Krasicki tuvo que dimitir, tras la presión del gobierno prusiano.