Al año siguiente se afilió a la Liga del Callao donde participó hasta 1965.

En 1995, bajo la presidencia de César Naranjo García, logró nuevamente el título de la Liga Distrital del Callao y accede a la etapa Departamental del Callao.

Ambos equipos juegan en la Región Promocional de Fútbol de Lima y Callao, donde Santa Marina Norte elimina a Pizarro y logra el ascenso a la Segunda División Peruana 1996 junto a Virgen de Chapi.

Al finalizar el campeonato, Santa Marina Norte pierde la categoría y debió retornar a su liga de origen pero no volvió a participar en los torneos siguientes.

Para el año 2022, el club se afilió y estuvo en competencia en la Liga Distrital del Callao donde terminó en tercer lugar.