Tenía como sede la ciudad de Caracas y disputaba sus partidos en el "Estadio San Agustín del Sur".
El equipo fue creado principalmente por emigrantes de Hungría y del centro europeo, que llegaron a Venezuela en los años cincuenta del siglo XX.
Su primera victoria fue el 28 de septiembre del mismo año con el La Salle y fue por 2 a 0.
En el campeonato profesional de 1959 el Danubio alcanzó el tercer lugar, consiguiendo 4 victorias en los 12 partidos disputados.
Sucesivamente fue disuelto por problemas de presupuesto y falta de seguidores, ya que la colonia húngara en Venezuela era muy pequeña.