[2] En 2017 el equipo se mudó a Tlajomulco de Zúñiga tras firmar un acuerdo con el Ayuntamiento local.
Al finalizar la fase regular el Cafessa consiguió la octava posición y el pase a la liguilla.
[6] En 2019, el equipo firmó un convenio con el Club Social y Deportivo Jalisco, tras esto el Cafessa consiguió crear un nuevo equipo con sede en el Estadio Jalisco de Guadalajara, y así logró jugar en la Liga Premier Serie A, con lo que consiguió la certificación para poder disputar el por entonces llamado Ascenso MX.
[7] Como consecuencia de este acuerdo, la nueva escuadra pasó a llevar el nombre Deportivo Cafessa Jalisco.
[9] Además, posteriormente se creó un segundo cuadro en la Liga TDP, que jugó bajo el nombre Cafessa Tonalá, al tener su sede en ese municipio metropolitano.