En su debut en la temporada 1970-71 quedó como segundo lugar de grupo solo 5 puntos debajo del Deportivo Toluca, quien le impedio llegar a la final contra el Club América.

Perdió por un marcador global de 4-3 y el equipo desciende a la Segunda división mexicana.

[6]​ En 1984 el Jalisco logró llegar a la final de ascenso de la segunda división contra el Zacatepec, sin embargo perdió ante los Cañeros por marcador global de 3-1, y la oportunidad sería desperdiciada, golpe que costo mucho pues no volvería a otra final en el circuito de ascenso por lo que tampoco volvió a primera división, lo que llevó a su eventual desaparición del plano futbolístico.

El Club Jalisco aún existe, pero ya no cuenta con el equipo de los Gallos Azucareros, sus instalaciones aún se encuentran en la ciudad de Guadalajara y recientemente fueron compradas por el empresario Jorge Vergara,[7]​[8]​ dueño del Club Deportivo Guadalajara y le cambió el nombre a "Club Chivas San Rafael".

[9]​ Este equipo desapareció en 2021 tras el endurecimiento de los requisitos para ascender en el fútbol mexicano.