En 1998, logra el título del torneo de interligas y asciende a la Segunda División Profesional.

El Deportivo Seman - FAP fue protagonista de la liga barranquina durante los 90's.

Al año siguiente, y ya sin el auspicio de uno de sus principales patrocinadores, Aviación-FAP pasó a llamarse Club Deportivo Aviación o Club Deportivo Aviación FAP.

En esa temporada el club se ubicó en el puesto 11 de 16 equipos.

Luego en el 2004, el equipo es absorbido por el Grupo Coopsol y con ello, desaparece su identidad.