[1]​ Durante toda su historia, Naval ejerció como local en el Estadio El Morro ubicado en la misma ciudad de Talcahuano.

[2]​ En el profesionalismo fue campeón de Segunda División en 1971, y su mejor época en Primera División fueron los años 1980, donde inscribió su nombre entre los cuatro mejores equipo de Chile con 345 puntos obtenidos entre 1980-1989, siendo superado por Cobreloa, Colo-Colo y Universidad Católica.

En diciembre de 1953, en su calidad de campeón regional Naval enfrentó a Colo-Colo que en dicho año se había consagrado como campeón del fútbol profesional y que contaba en su plantel con el portero Misael Escuti y Jorge Robledo, repatriado desde Inglaterra por el club albo.

Los peruanos estaban integrados, en su mayoría, por jugadores profesionales y, siendo los chilenos un equipo amateur, el resultado final fue un empate a uno.

Posteriormente, Naval no pudo levantar otra copa sino hasta 1967, año en que bajo la dirección técnica de Arnoldo Weber y con un plantel en el cual destacaban Alfredo Petinelli, Carlos Vilches, Luis Collarte, Ramón González y Urzúa, el club obtuvo su octavo y último título regional tras batir a Coquimbo Crav de Penco en partido de definición.

[4]​ Una vez desaparecido el campeonato regional, Naval fue aceptado por la Asociación Central de Fútbol para ingresar al profesionalismo, en el cual ya actuaban Deportes Concepción, Lota Schwager y Huachipato.

[5]​ El club se ubicó esa temporada en el decimoprimer puesto, por lo que debió disputar una liguilla para no descender, en la cual logró la permanencia.

[9]​ Tras ubicarse décimo cuarto en 1975, Naval consuma su primer y único descenso en 1976, esto, al finalizar en el penúltimo lugar del campeonato nacional.

[12]​ La década de 1980 no comenzaría de la mejor forma para el club, alcanzando solo el duodécimo lugar en el campeonato nacional,[13]​ sin embargo en 1981 con la llegada del delantero Jorge Aravena y bajo la dirección técnica de Luis Ibarra, Naval logra su mejor ubicación en primera división, un quinto puesto que le permitió acceder a la Liguilla para Copa Libertadores en la cual se ubicó tercero.

[14]​ En 1982 repite el quinto puesto en el campeonato nacional, ingresando nuevamente a la Liguilla de Copa Libertadores pero sin mayor suerte, ya que al igual que el año anterior, 2 derrotas en 3 partidos le impidieron acceder al certamen continental.

Estos últimos cuatro, además fueron llamados a integrar la Selección Chilena de Fútbol para la Copa América 1983.

Tras finalizar noveno en 1989, en 1990 Naval conformó un plantel en el que destacaban los nombres de Marcelo Ramírez, Arturo Jáuregui, Óscar Lee-Chong y Juan Carreño.

Sin embargo, los resultados no fueron favorables, y sólo el gran tramo final de campeonato donde venció a Universidad Católica y Universidad de Chile con Juan Carreño como estandarte, le permitió zafar del descenso directo.

Además, y a pesar de que dos jugadores de Wanderers habían arrojado dopaje positivo ante Palestino la fecha anterior al partido con Naval, sospechosamente, ese día no hubo control dopaje en El Morro.

[22]​ Hacia mediados de los años 1980, el club comenzó a escalar posiciones finalizando cuarto en 1984.