El organismo está dirigido por un delegado,[2]​ nombrado por el Gobierno, cuyas funciones, según el artículo 154 de la Constitución española,[3]​ son las de dirigir la Administración del Estado en el territorio de la Comunidad Autónoma y la coordinará, cuando proceda, con la administración propia de la Comunidad.

La Delegación del Gobierno cuenta, a su vez, con dos subdelegaciones provinciales, con sede en sus respectivas capitales provinciales: una en la provincia de Badajoz (con sede también en la ciudad de Badajoz) y otra en la provincia de Cáceres (con sede en la ciudad de Cáceres).

Comparte la misma sede con la Delegación del Gobierno en Extremadura.

El actual subdelegado del Gobierno de España en la provincia de Badajoz es María Isabel Cortes Gordillo.

El actual subdelegado del Gobierno de España en la provincia de Cáceres es José Antonio García Muñoz.