Anteriormente, Moyes fue el entrenador del Everton Football Club durante once temporadas (2002 - 2013).

[1]​ Llegó a disputar 550 partidos como centrocampista, jugando en el Celtic de Glasgow, Cambridge United, Bristol City, Shrewsbury Town, Dumfermline Athletic, Hamilton Academical y retirándose finalmente en el Preston North End, donde comenzaría su carrera como entrenador.

Empezó entrenando al equipo en el que se retiró -Preston North End- donde, en apenas seis años llegó a la Football League Championship, dejando al Preston a las puertas del ascenso, ya que perdió en la última eliminatoria de la fase de ascenso a la Premier ante el Bolton Wanderers por 3-0 en la temporada 2000-2001.

Sin embargo, su campaña no fue buena, ya que fue eliminado en verano por el Villarreal CF en la última previa para la liguilla de la Champions,[7]​ además de acabar en un decepcionante 11.º puesto en la Premier.

Ello le valió el premio de «mánager del año» por tercera vez.

Para la temporada 2009-2010, el equipo y Moyes, vendieron por 22 millones de euros a Joleon Lescott al Manchester City.

Las siguientes temporadas, 2010-2011 y 2011-2012, consigue dejar al Everton en la 7.ª posición en ambas, respectivamente, aunque no puede clasificar al equipo para competición europea, debido en parte a los malos comienzos en ambas.

Precisamente, en enero de 2012, Moyes se convirtió en el cuarto mánager con 150 victorias en la Premier, después de Alex Ferguson, Arsène Wenger y Harry Redknapp.

Terminó su vinculación con la entidad de Goodison Park once años después, tras dejar al Everton en 6.º lugar en la Premier League 2012-13, clasificándolo a Europa un año más.

Siguió con derrotas consecutivas por 0-3 como local contra Liverpool y Manchester City.

En un desfile aéreo fue puesta en escena por los aficionados del United una pancarta que decía: "El equivocado - Moyes fuera" con grandes letras durante un partido en casa contra el Aston Villa en marzo.

Una semana después conseguiría su primera victoria como entrenador de los vascos, tras ganar por 3-0 al Elche en su estreno en Anoeta con un hat-trick del delantero mexicano Carlos Vela.

[22]​ Curiosamente, Moyes dejó el equipo donostiarra exactamente en la misma situación que se encontró a su llegada, con 9 puntos en 11 partidos de Liga.

[26]​ Aunque no pudo mantener la categoría, Moyes confirmó que tenía la intención de cumplir su contrato y por lo tanto iba a continuar dirigiendo a los black cats en el Championship.

[27]​ Sin embargo, dos semanas después y habiendo concluido el campeonato, anunció su dimisión.

[33]​En la temporada 2022-23, obtuvo la UEFA Europa Conference League luego de vencer a la Fiorentina para terminar invicto en el torneo, ganando 12 partidos y empatando uno.