Pertenece al género Dasypus cuyos integrantes son denominados comúnmente armadillos o mulitas.

Esta especie fue descrita originalmente en el año 1942 por el zoólogo y conservacionista sueco Einar Lönnberg.

[1]​ Este taxón fue reconocido como especie plena recién en el año 2016; hasta ese entonces se lo incluía en Dasypus kappleri, una especie de armadillo grande y selvático que fue descrito por Friedrich von Krauss en 1862.

En una revisión realizada por Anderson Feijó y Pedro Cordeiro-Estrela para clarificar la taxonomía de esa especie, empleando metodologías de caracteres discretos, lineales y morfometría geométrica, obtuvieron como resultado que un grupo con alopátricos rasgos cualitativos y cuantitativos —que permitían un diagnóstico certero— correspondía a un taxón de especie no reconocido, por lo que rehabilitaron a Dasypus beniensis escindiéndola de Dasypus kappleri.

[2]​ Dasypus beniensis se distribuye en las tierras bajas de la Amazonía de Bolivia y Brasil, al sur de los ríos Madre de Dios, Madeira y ríos de la cuenca del Amazonas inferior.