El arsenal de la nave, solo vista en el compilado Darius Cozmic Collection, consiste en cañones (misiles que intercepta balas enemigas, láser que traspasa enemigos e intercepta ataques láser enemigos y rayo sonico que traspasa enemigos y muros), bombas (de uno, dos y cuatro) y un campo de fuerza protector (verde, azul y dorado).
Además, este es el primer juego en presentar minijefes conocidos como los "capitanes".
Estos tienen un tamaño y la salud reducidos a diferencia de los jefes del primer juego, pero que tienen las mismas habilidades, y aparecen a mitad de partida antes que la nave principal.
La flota alienígena Belsar, compuesta por robots y naves con forma de peces y otras criaturas marinas, perdieron el control de Darius.
Tras los enfrentamientos ocurridos en Darius Gaiden, los colonos, ordenados por los expilotos Proco y Tiat, escaparon al planeta Olga durante la invasión Belsar, pero ahora recolonizan Darius y reconstruyen sus zonas dañadas, pero Belsar intenta invadir la Vía Láctea.