Sus padres son Francis y Anna Thomas (de soltera Weber).

En 1977 se graduó en secundaria por la Roman Catholic High School y al descubrir su vocación religiosa ingresó en el Seminario de San Carlos Borromeo, ambos en Filadelfia.

Luego en 1987 se trasladó a Roma (Italia) para realizar estudios de posgrado en Teología dogmática por el Pontificio Colegio Norteamericano y en 1989 se licenció en Sagrada Teología por la Pontificia Universidad Gregoriana.

Un año más tarde fue llamado por la Curia Romana, para ser Oficial de la Congregación para los Obispos y al mismo tiempo sirvió como Director Espiritual de los seminaristas en el Pontificio Colegio Norteamericano.

Al ascender de rango, además de elegir su escudo, adoptó como lema episcopal la frase: "Dominus Meus Et Deus Meus" (en latín)- "Mi Señor y mi Dios" (en español); (Juan 20:28).