[1]​ Ndoye comenzó a jugar al fútbol en su club local FC La Côte Sports.

Muy rápidamente, fue descubierto por el Team Vaud (academia del FC Lausanne), donde comenzó su aventura en la categoría sub-13.

Actuaciones que le permitieron unirse al equipo Vaud sub-21, el equipo de reserva de Lausanne, a los 17 años.

Jugando en la 4.ª división suiza, marcó 7 goles en 21 partidos.

[3]​ En 15 partidos, marcó 6 goles y rápidamente se consolidó como un jugador clave.