La tradición la identifica con una parte de los caballeros que participaron en la batalla para tomar Santarém (1147).[1] Los Gran Maestros de la Orden serían siempre el rey de Portugal, su descendiente o representante, pasando a ser considerada una orden secreta por tener que vivir en la clandestinidad, que lucharía contra lo que ella consideraba ser como un usurpador al frente del Reino de Portugal.Es Nuno da Câmara Pereira su Comendador Mor y el refundador de la Orden de San Miguel del Ala por escritura pública y consecuentemente bajo el ordenamiento jurídico-constitucional vigente desde 1981.Después de su refundación fue considerado su Gran Maestre el Arcángel San Miguel e invitado a su protector Duarte Pío de Braganza que, diez años más tarde, se vino a auto-excluir de la Orden, evocándose a sí mismo el derecho de extinguir, fuera Del derecho y sin convocar a su capítulo general (Asamblea General), al mismo tiempo recreando irregularmente una Hermandad, sin reconocimiento canónico, con el mismo nombre, y motivó un cisma que lo llevó a la barra de los tribunales, perdiendo en toda la línea, En el derecho nato que reclamaba, considerando que su bisabuelo el don Miguel la había restaurado.En 2007, el pretendiente Duarte Pio de Bragança fue investigado por el Ministerio de Economía e Innovación y posteriormente procesado por el diputado Nuno da Câmara Pereira, del Partido Popular Monárquico.En 2009, el Tribunal Civil de Lisboa acabó por dar razón al exlíder del PPM y obligó a Duarte Pío a renunciar al nombre de la Orden.