El Director Creativo Ejecutivo del juego es Jim Lee, junto a Carlos D'Anda, JJ Kirby, Oliver Nome, Eddie Núñez, Livio Ramondelli, y Michael López.

DC Universe Online transcurre en el presente, pero la secuencia de apertura tiene lugar en un futuro desgarrado por la guerra que representa la batalla final entre los héroes más grandes del mundo y villanos.

La batalla culmina con la muerte de Superman a manos de Lex Luthor, muriendo también Wonder Woman, Flash, Hal Jordan y Green Arrow, quedando, Batman y el Joker como los únicos sobrevivientes.

Lex Luthor explica que la mortal guerra final entre los héroes y villanos fue provocada por las manipulaciones sutiles de Brainiac.

El tráiler comienza con Lex reviviendo a su compañero, Fractura, que está inconsciente.

Lex, viendo la oportunidad que había estado esperando, mata a Fractura y lo describe como "una rata de laboratorio excelente."

Esto sirve como tutorial para los movimientos y ataques básicos para aprender a ser un héroe.

El juego recibe actualizaciones, primero de Sony Online Entertainment y después por Daybreak company tanto para arreglar bugs como Eventos de Temporada que agregan nuevos misiones y episodios a la trama.

Hay 3 eventos que suelen repetirse cada año: Survival Mode, Legends PvE y Stabilizer Fragment Instances.

Su línea argumental transcurre en el universo anterior al de los eventos actuales, antes del enfrentamiento final entre superhéroes y supervillanos.