Un ejemplo son las redes genéticas, que permiten estudiar patrones de conexión para identificar genes clave en rutas metabólicas.A continuación, se describen dos de los análisis más utilizados en Cytoscape.En este sentido, una “clique máxima” se define como un subconjunto de nodos que están altamente conectados entre sí, y cuyo tamaño depende del número de nodos que contiene.La diferencia entre el Degree y el MCC, es que cada nodo puede formar parte de distintos cliques, y el MCC mide que tan importante es un nodo de acuerdo con su papel en el clique más grande.Hacer clic en la pestaña de: File→ Import→ Network from file Esto permitirá diseñar y agregar atributos específicos a la red de acuerdo con las necesidades que requiera el trabajo.1.- Hacer clic en la pestaña de File → Import → Network from file En la figura se muestra la tabla mínima para construir una red, esta debe contener al menos dos columnas, una llamada SOURCE y otra llamada TARGET para que Cytoscape sea capaz de crear una red con interacciones entre al menos dos nodos.También son útiles para realizar análisis específicos para la interpretación de resultados y encontrar proteínas hub.Cytoscape cuenta con dos extensiones predeterminadas, NDEX y PSICQUIC que a continuación se describen: Existen una gran diversidad de extensiones dentro para Cytoscape que puedes obtener desde la App Store.También existen otros programas con los cuales es posible construir redes de interacción biológicas.A continuación, se proporciona una breve descripción de estas herramientas.
Red general de interacción proteína-proteína de
Arabidopsis thaliana
extraída de IntAct, modificada en Cytoscape 3.10.3.
Red de genes de
Arabidopsis thaliana
extraída de IntAct y modificada en Cytoscape versión 3.10.3. Cada nodo contiene el identificador del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). En esta figura se muestran los elementos que conforman una red de interacción y un ejemplo de un nodo central.
Topología de redes de interacción. a) La organización más pequeña muestra información sobre nodos únicos. b) Con tres o más nodos hace referencia a motivos. c) Los grupos más grandes de nodos se denominan módulos. d) En conjunto las organizaciones anteriores forman parte de la organización global de una red.
