Cydia permite la gestión de paquetes dpkg mediante una interfaz gráfica como "saurik".
Funciona a través de repositorios (repos) que son agregados por el propio usuario.
Los usuarios pueden usar Amazon Payments o PayPal para comprar aplicaciones de la tienda.
El comprobante del pago es enlazado a una cuenta de Google o Facebook en caso de que los usuarios adquieran nuevos dispositivos iOS o actualicen el sistema.
Aunque la opción existe y es muy popular, los desarrolladores no están obligados a usar el sistema de la Cydia Store para sus paquetes.