Se subdivide en 8 subcuencas y 44 subsubcuencas con un total de 15.126 km².
Al sur deslinda con la cuenca del lago Todos Los Santos, la del lago Llanquihue y otras que tributan al río Maullín.
La subdivisión del BNA es como sigue:[2] La disposición de cuencas en el inventario DARH es la siguiente:[3] Los cuerpos de agua considerados en esta categoría son: La hoya del río Bueno tiene en su mayor parte un régimen pluvial que aumenta sus caudales durante los meses de invierno.
Sin embargo, en la parte superior de su cuenca se nota una leve influencia nival, en los afluentes del lago Ranco, los ríos Calcurrupe y en el río Coihueco.
Por el contrario, las zonas amarillas indican que durante ese tiempo el agua caída puede ser evaporada por el calor del sol.