El Campeonato Nacional de Cuarta División de Chile de 1999 fue la edición número 17 del torneo de la categoría.

Participaron 18 equipos, que jugaron en un sistema de todos-contra-todos agrupados en dos grupos: Norte y Sur en una primera fase.

C.T.I resultó ser el campeón de esta edición, y con esto, ascendió a la Tercera División.

Acompañándolo, también ascendió Municipal Limache como subcampeón.