[4]​ En el año 1958,[5]​ el zoólogo y paleontólogo español —nacionalizado argentino— Ángel Cabrera Latorre, al pensar que era improbable que ambos taxones cohabiten en una misma localidad, y aparentemente sin haber examinado el material en cuestión, sinonimizó a M. a. chacoensis en la subespecie típica (Marmosa agilis agilis).

[8]​ En el año 2005, Robert S. Voss, Darrin P. Lunde y Sharon A. Jansa confirman su validez, al mismo tiempo que la elevan a la categoría de especie plena y la incluyen en un nuevo género que ellos mismos crean: Cryptonanus (Cryptonanus chacoensis).

[9]​ En los siguientes años, este criterio taxonómico fue seguido por todos los autores que trataron el género o la especie.

Etimológicamente el término genérico Cryptonanus se construye con palabras en el idioma griego, en donde: kruptos significa 'oculto' y nanos es 'enano', haciendo alusión a que la privativa identidad taxonómica que le correspondía a estos pequeños marsupiales ha estado oculta durante mucho tiempo, sumergida en Gracilinanus.

[9]​ El epíteto específico chacoensis es un topónimo que refiere a la región biogeográfica donde fue descubierto el ejemplar tipo.