Era el segundo hijo varón (aunque el mayor en sobrevivir a la infancia) del duque Cristián I de Sajonia-Merseburgo y de su esposa, Cristiana de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Glücksburg.

Cristián sucedió a su padre cuando este murió, el 18 de octubre de 1691.

El breve reinado de Cristián II tuvo poco impacto en la historia del ducado.

De hecho, apenas es recordado en la actualidad por uno de los obeliscos en los jardines del palacio de Merseburgo (Schloss Merseburg), donde aparece junto a su esposa.

En Moritzburg an der Elster el 14 de octubre de 1679, Cristián contrajo matrimonio con Edmunda Dorotea de Sajonia-Zeitz.