Fue fundado en 1981 por hinchas del club limeño Sporting Cristal y participa en la Copa Perú, donde ha llegado en una ocasión a semifinales y en otra a cuartos de final.

Al año siguiente el cuadro celeste fue campeón distrital, provincial y departamental lo que le permitió jugar la Etapa Regional de Copa Perú 2014 donde en la semifinal eliminó a Defensor Bolívar y clasificó junto a Defensor La Bocana a la Etapa Nacional.

En esa fase superó en octavos de final a Sport Chavelines pero fue eliminado en la ronda siguiente por La Bocana.

En la semifinal del torneo enfrentó a Academia Cantolao que le venció por 2-1 en el Callao y empató 2-2 en Tumbes quedando eliminado el cuadro tumbesino.

[4]​ Cristal Tumbes clasificó nuevamente a la Etapa Nacional en la Copa Perú 2016 pero terminó en último lugar en la primera fase.