[6]​[7]​ Aunque los orígenes del Couto Misto siguen sin estar claros, el nombre define su identidad.

El término couto («coto» en español) procede del latín cautēs («roca puntiaguda»), que se refiere en general a una zona delimitada con mojones (cautos lapideos).

[19]​ No participaban en los asuntos políticos españoles y portugueses, limitándose a elegir a un juez —o alcalde[20]​ o «juez civil y gubernativo»,[21]​ según las fuentes—, su máxima autoridad, elegido por los vecinos de entre los cabeza de familia cada tres inviernos,[19]​ confirmado posteriormente por el corregidor de Braganza[16]​ hasta 1836, cuando las autoridades portuguesas se desentendieron del nombramiento por no considerarse competentes.

Cuando era necesaria la intervención judicial, cada casa recurría a la justicia del país al que tenían fidelidad.

[18]​ Ninguna persona que se refugiase en el territorio podía ser detenida o privada de sus riquezas.

No obstante, en casos de homicidio y otros graves delitos perpetrados por súbditos españoles o portugueses, las autoridades de estos países procedían a su arresto, incluso dentro del Coto, no respetando así el fuero.

[27]​Tanto España como Portugal determinaron por unanimidad que no se podía mantener este territorio con provilegios, porque la situación era especialmente propicia para el contrabando y porque también albergaban bandas de delincuentes en esas tierras.

[27]​ Los habitantes que quisieran conservar la nacionalidad portuguesa podían hacerlo comunicándolo a las autoridades locales, según estableció el artículo xxvii del Tratado.