Por decreto legislativo obtuvo la categoría de institución independiente del Estado en 1901.
En 1919 se emitió la primera Ley Orgánica del Tribunal Superior de Cuentas.
En 1930, por decreto legislativo, se creó la Auditoría General de la República.
La Constitución vigente, aprobada en 1983, establece en su artículo 195 que la Corte de Cuentas de la República debe realizar la fiscalización técnico y legal de la Hacienda Pública en general, y supervisar la ejecución del presupuesto en particular.
Estos funcionarios son electos por la Asamblea Legislativa para un período de tres años.