Se mantuvo en la máxima categoría durante cuatro temporadas, ya que en 1985 descendió nuevamente a Segunda División.

En 2007, tras haber permanecido dos temporadas en dicha categoría, se proclamó campeón y volvió a Primera B.

Sin embargo, permaneció en la máxima categoría hasta 2013, ya que volvió nuevamente a Primera B, debido al sistema de descenso programado.

Sin embargo, volvió a descender luego de dos temporadas consecutivas en la Primera División.

En tanto, su escudo reproduce la imagen del morro de Arica y una letra «A» en gran tamaño.

Esta fusión finalmente no se concretó, pero sí llegaron jugadores provenientes de aquel club, como Jorge Cabrera, los hermanos Escanilla, Cifuentes, Peña, los arqueros Luis Duarte, Luis Díaz, Jorge Aravena, Bruno Morales, Fernando Astudillo, Víctor Adriazola, el goleador uruguayo Eduardo Esquivel y Julio Guerrero, Patricio Reyes, Alfredo Henríquez, quienes se sumaron a jugadores locales como Juan Orlando Arias, Adrián «Cogote» Pérez, René Rojo, Alejandro «Chueco» Silva, Juan «Pelao» Díaz, «Tiburón» Guerra, Roberto Pratty, Juan Rodríguez, Renato Echevers, Gonzalo Pango, Carlos Rodríguez y David «Negro» Henríquez.

Para la dirección técnica del primer equipo y para sentar las bases de las series cadetes, fue contratado Jorge Luco, entrenador formado en Universidad Católica junto a Manuel Muñoz Guido Cornejo, y como P. F. Adolfo Robles.

En la tabla final de la liguilla, el club terminó en la tercera posición, por lo que debió permanecer un año más en Segunda División.

Además, el club ascendió por primera vez en su historia a Primera División a tres fechas antes del término del campeonato, el cual ganó con un total de 54 puntos y una campaña de 20 partidos ganados, 12 empatados y 10 perdidos.

[4]​ En el plantel de ascenso destacaron jugadores como Carlos Rodríguez, Mauro Meléndez, Luis Navarro, Adrián Pérez, Juan Orlando Arias, Cristián Sasso, René Jara, Alex Castillo, Héctor Moscoso, Manuel Leal, Eduardo Vicentello, Hernán Ibarra, Carlos Díaz, João Ananías, Jorge Cabrera, Francisco Valdés y el argentino Jorge Eduardo Bianco, entre otros.

Es decir para no caer en Tercera División el club de la puerta norte debía a lo menos coronarse campeón o en su defecto lograr el ascenso a la división de honor en 2005.

Ese año Deportes Arica logró tener la planilla más costosa de la categoría, teniendo entre sus filas a jugadores de lujo como el mundialista en Francia 1998 y exazul, Cristián Castañeda, el excruzado Manuel López, el exRangers Erwin Concha, Mauricio Arias, Marcelo Suárez, Fabián Muñoz, y Héctor Pericás entre otros.

Si bien la dirigencia del club trató de evitar el descenso, este no fue posible.

Se entrevistaron en Tacna con los dirigentes de los equipos peruanos Coronel Bolognesi Fútbol Club, Sporting Cristal y Universitario.

Con este resultado, los ariqueños se proclamaron campeones de la Tercera División 2007 y retornaron a la Primera B.

En la penúltima fecha, y con la derrota 3-1 frente a Deportes Antofagasta en el Estadio Regional Calvo y Bascuñán, finalmente se consumó el retorno del cuadro nortino a la Serie B del fútbol chileno.

Sin embargo, en el duelo de revancha, disputado en San Carlos de Apoquindo, perdió por el mismo marcador, y fue necesario definir la clasificación a Copa Sudamericana mediante lanzamientos penales, instancia donde cedió su opción al caer por 6-5.

San Marcos no tuvo un buen rendimiento y despidió a Musrri en julio de ese mismo año.

Para el 2019 se armó un equipo para recuperar lo más pronto posible la categoría, se contrato al técnico Felipe Cornejo y jugadores claves que tenían trayectoria por la Segunda División de Chile y jugadores destacados.

Desde 2011, el club incorporó la wiphala en la parte inferior de su camiseta, como símbolo representativo del pueblo aimara.

Los organizadores del mundial de 1962 escogieron a la norteña ciudad de Arica, pensando en la segura clasificación del Perú que vendría con su hinchada por su cercanía a la frontera con ese país, pero finalmente fue Colombia, que eliminó al Perú contra todo el pronóstico.