La Copa de la AFC del 2006 fue la tercera edición del segundo torneo de fútbol más importante a nivel de clubes organizado por la AFC.
Los equipos de Corea del Norte y Birmania fueron excluidos del torneo, mientras que Baréin fue relegado de la Liga de Campeones de la AFC.
El Al-Faisaly de Jordania venció en la final al Al-Muharraq de Baréin para ser el campeón por segunda ocasión consecutiva.
Al-Faisaly (Campeón defensor & Ganador de la Jordan FA Cup 2004/05) Al Ahed (Ganador de la Lebanese FA Cup 2005) Al-Nasr (Ganador de la Sultan Qaboos Cup 2005) Mohammedan (Campeón de la 2005–06 Bangladesh National Football Championship 2005/06) Mahindra United (Ganador de la Indian Federation Cup 2005) FC Merw Mary (Ganador de la Turkmenistan Cup 2005) Happy Valley (Ganador de la Hong Kong FA Cup 2005) Selangor FA (Ganador de la Malaysian FA Cup 2005) New Radiant (Subcampeón de la Dhivehi League 2005) Home United FC (Ganador de la Singapore Cup 2005) Fuente: El Al-Hilal de Yemen fue descalificado por no enviar la lista de inscripción de jugadores para el torneo.
Fuente: El Dhofar Club de Omán fue descalificado por no enviar la lista de jugadores para el torneo a tiempo.