La Copa Santa Fe 2016 fue la primera edición de esa competición oficial, organizada por la Federación Santafesina de Fútbol, en la que participan los equipos de la provincia de Santa Fe de todas las divisiones del fútbol argentino junto con los representantes de cada liga regional de la provincia.

Consagró campeón al Club Atlético Unión de Sunchales,[1]​[2]​[3]​ equipo participante del Torneo Federal A, que logró de esta manera su primer título.

El torneo se desarrolló plenamente bajo un formato de eliminación directa donde cada equipo enfrentaba a su rival de turno a partido único o en partidos de ida y vuelta.

En la primera etapa, los representantes definidos de las 19 ligas regionales más el representante de la Copa Federación se enfrentaron en llaves a doble partido.

Los ganadores avanzaron a la segunda etapa en la que se les sumaron los equipos participantes del Torneo Federal A, el Torneo Federal B y la Primera D. En la fase final, a los equipos clasificados de la segunda etapa se les sumaron los equipos participantes de la Primera División y la Primera C. A partir de aquí, los 16 equipos clasificados disputaron una serie de eliminatorias (compuestas por octavos de final, cuartos de final, semifinales y final) hasta consagrar al campeón.