La Copa Presidente de la AFC del 2006 fue la 2.ª edición del tercer torneo de clubes más importante de Asia organizado por la AFC, en el cual participaron 8 equipos en el torneo celebrado en Kuching, Malasia.
El Dordoi Dynamo de Kirguistán venció en la final al Vakhsh de Tayikistán para ser el campeón por primera vez.
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Árbitro: Sun Baojie Jueces de línea: Silva Benjamin Ahmed Ameez Cuarto árbitro: Ram Krishna Gosh