[2]​ El TP Mazembe, campeón de las dos últimas ediciones, no participa en el torneo por estar clasificado a la Liga de Campeones de la CAF 2018.

Estos son los 54 equipos representantes de 42 asociaciones miembro de la Confederación Africana de Fútbol,[3]​ los que aparecen en Negrita avanzan directamente a la primera ronda: Al torneo se integraron los equipos de la 2018 CAF Champions League eliminados en la primera ronda.

Asociaciones que no mandaron representación al torneo: Notas: En esta fase los 16 equipos clasificados de la primera ronda enfrentan a los 16 equipos eliminados en la primera ronda de la Liga de Campeones de la CAF 2018.

Fuente: CAFCriterios de clasificación: Fuente: CAFCriterios de clasificación: Notas: Fuente: CAFCriterios de clasificación: Fuente: CAFCriterios de clasificación: El jugador no está en el equipo en ese momento, pero el equipo sigue activo para esa ronda.

Equipo eliminado / inactivo para esta ronda.