Estas coordenadas son especialmente comunes en el tratamiento de moléculas poliatómicas y reacciones químicas,[1] y en mecánica celeste.
[2] Un algoritmo para generar coordenadas de Jacobi para N cuerpos puede basarse en árboles binarios.
[3] Literalmente el algoritmo se describe como sigue:[3] Sean mj y mk las masas de dos cuerpos que son reemplazados por un nuevo cuerpo de masa virtual M = mj + mk.
Las coordenadas x j y x k se reemplazan por sus posiciones relativas rjk =xj − xk y por el vector al centro de sus masas Rjk = (mj qj + mkqk)/(mj + mk).
El nodo en el árbol binario correspondiente al cuerpo virtual tiene mj como rama derecha y mk como rama izquierda.